Het onderzoek aan het Hubrecht Instituut richt zich op ontwikkelingsbiologie en stamcellen. Verschillende biologische processen worden onderzocht, met name de embryonale ontwikkeling van dieren en de ontwikkeling van organen in volwassen dieren. Ontwikkelingsbiologen zijn geïnteresseerd in het mechanisme dat een organisme doet groeien van één bevrucht eitje tot een volledig volwassen dier. Stamcel onderzoek is sterk verbonden met ontwikkelingsbiologie. Als we meer inzicht krijgen in de ontwikkeling en in stamcellen kan ons dat meer leren over (menselijke) ziekten als kanker.